Niinistö kommenterade saken i ett inlägg på finska på presidentens webbplats.
I helgens Iltalehti skriver Ainola att presidenten och riksdagen inte är ense om huruvida Finland står sida vid sida med de övriga EU-länderna och Nato då det gäller militärt försvar av Baltikum.
Enligt Ainola kretsar tvisten kring president Niinistö och tidigare utrikesministern Erkki Tuomioja (SDP). I texten står det att Tuomioja lyckats få igenom ett ställningstagande i hela riksdagens namn och att det strävar efter att upphäva grunderna i presidentens säkerhetspolitiska riktlinjer.
President Niinistö skriver att han verkat i gott samarbete med Tuomioja både under Tuomiojas tid som utrikesminister och som riksdagsledamot.
– Vi har aldrig skiljts oeniga och inget sådant är aktuellt nu heller, skriver presidenten.
Han tillägger att han hela tiden betonat att riksdagen har det sista ordet också i utrikes- och säkerhetspolitiska frågor.
Niinistö säger att Ainola erbjöds möjligheten att diskutera med presidenten för att reda upp saker och ting.
– Tyvärr tackade han nej.
Tuomioja undrar över syftet med texten
Även Erkki Tuomioja skriver i sin blogg att han under sin tid som utrikesminister hade ett ypperligt samarbete med president Niinistö i alla de grundläggande frågorna inom utrikes- och säkerhetspolitiken.
– Kontakten mellan oss har fortsatt i samma anda efter det och vi har båda varit mycket nöjda över den breda konsensus riksdagen nått i behandlingen av de utrikes- och säkerhetspolitiska redogörelserna, skriver Tuomioja.
Tuomioja skriver att han undrar på vems initiativ och i viket syfte den här typen av nyheter skrivs.
Inrikes
6.5.2017
Presidenten kritiserar Iltalehti-text om säkerhetspolitiken
President Sauli Niinistö anser att Iltalehti-journalisten Olli Ainolas text om stora meningsskiljaktigheter mellan riksdagen och presidenten i de säkerhetspolitiska frågorna är obegriplig.