När Marouane Fellaini nickade in Marcus Rashfords inlägg redan efter 17 minuter i semifinalreturen ökade Manchester United till 2–0 totalt.
Men det var dramatik in i det sista sedan Facundo Roncaglia kvitterat med fem minuter kvar. Kort därpå hettade det till ordentligt på planen när Eric Bailly till synes nöp Guidetti i ansiktet. Roncaglia stod upp för sin lagkamrat och det slutade med att han och Bailly båda fick röda kort.
Ett segermål hade tagit Celta till finalen i kraft av fler gjorda mål på bortaplan, men det kom inte. Guidetti var ytterst nära att stöta in 2–1 med matchens sista spark, men han kom snett till bollen. En tung motgång för landslagsanfallen som hade hoppats på att få spela om titeln i sin hemstad.
Ibrahimovic får i stället möjligheten att lägga en europeisk cupframgång till sin långa meritlista. Manchester Uniteds manager José Mourinho har tidigare sagt att han gärna ser att långtidsskadade Ibrahimovic är med och lyfter bucklan om United vinner.
Efter matchen beklagade sig Mourinho över att hans spelare får kort förberedelsetid inför finalen.
– På söndag spelar Ajax sin sista match (i ligan) för säsongen och sedan har de tolv dagar på sig att förbereda sig medan vi har tre matcher kvar att spela. Vi slår ur underläge och vi får se om vi kan vara fortsatt mentalt starka inför ett möte mellan två av Europas största klubbar.
– Det är en final som kunde ha varit en Champions League-final, sade Mourinho till Kanal 9.
Ajax hade 4–1 att luta sig mot efter urladdningen hemma i Amsterdam i förra veckan. Lyon lyckades mobilisera vad som krävdes för att åtminstone komma i närheten av att reparera det defensiva sammanbrottet i första matchen.
Fransmännen gjorde det inte lätt för sig eftersom dansken Kasper Dolberg fick skicka in 1–0 för den nederländska storklubben knappa halvtimman in i första halvlek, men med två mål inom 30 sekunder precis före pausen vände Alexandre Lacazette matchen.
Lyon öste på i jakten på fler mål och med sex minuter kvar gjorde Rachid Ghezzal 3–1. Ett mål till och matchen hade gått till förlängning.
Ajax spelar sin första stora europeiska cupfinal sedan förlusten på straffar mot Juventus 1996. Manchester United var i final i Champions League 2011, men förlorade (1–3) mot Barcelona på Wembley.
Finalen på Friends spelas den 24 maj.