Quintana förlorade med nästan åtta och en halv minuter till täten i fredagens etapp, som slutade i Piancavallo. Men han tog ändå över ledning eftersom den föregående ledaren, nederländaren Tom Dumoulin, var nio och en halv minut från täten.

Snabbast på den tuffa bergsetappen var Team Skys spanske cyklist Mikel Landa, som var 1.49 minuter snabbare än tvåan Rui Costa från Portugal. Quintana körde i mål som 19:e man på den 191 kilometer långa etappen.

Quintana har en lucka på 38 sekunder ner till tvåan Dumoulin. Italienaren Vincenzo Nibali är trea totalt, 43 sekunder från Quintana.

Två etapper återstår av Girot, som slutar med ett tempolopp på söndag. Målet är i Milano.