– Tiderna när vi fullständigt kunde lita på andra är på väg ut. Det har jag upplevt de senaste dagarna, sade Merkel på ett valmöte i München.
För henne blir relationen mellan Tyskland och Frankrike framöver särskilt viktig.
Merkel hade precis återvänt från G7-mötet, som slutade i lördags utan någon uppgörelse mellan USA och de sex övriga ledande ekonomierna om att förbinda sig till 2015 års klimatavtal.
Hon beskrev resultatet av "sex mot en"-diskussionen som "mycket besvärligt, för att inte säga otillfredsställande".
Trump ska ha delgett "sina förtrogna" att han planerar att lämna Parisavtalet, enligt Reuters.
Under sitt första besök i Europa som president beskrev Trump Tysklands handelspraxis som "dålig, mycket dålig" och klagade över att Europas största ekonomi säljer för mycket bilar till USA.
Han läxade upp övriga Nato-allierade och krävde att de ska infria sina löften och skjuta till två procent av BNP till alliansen.
Trump betecknade själv sin Europaresa som en stor framgång.
– Återvände precis från Europa. Resan var en stor succé för USA. Hårt arbete men stora resultat, twittrade Trump.
Utrikes
28.5.2017
Merkel varnar: USA och Storbritannien inte längre pålitliga partner
Europa måste ta sitt öde i egna händer, när västalliansen splittras av brexit och Donald Trumps presidentskap, sade Tysklands förbundskansler Angela Merkel på söndagen.