Samtidigt sade han att han kommer att vara "vaksam" när det gäller mänskliga rättigheter i Ryssland och Tjetjenien.
Samma dag som Putin besökte Frankrike blev det känt att landet tagit emot sin första homosexuella tjetjenska flykting.
De två presidenterna möttes i det storslagna slottet Versailles utanför Paris. De diskuterade bland annat kriget i Syrien.
Frankrike kommer inte att acceptera bruk av kemiska vapen i Syrien, var Macrons budskap till Putin, som räknas som president Bashar al-Assads främsta allierade i kriget.
– Vi har dragit en mycket klar gräns mot bruk av kemiska vapen, oavsett vem som använder dem, sade Macron vid en gemensam presskonferens med Putin.
Enligt Macron skulle bruk av kemiska vapen vara en röd linje som leder till ett omedelbart svar från Frankrikes sida.
Utrikes
29.5.2017
Frankrike följer noga med mänskliga rättigheter i Ryssland
Frankrike önskar stärka sitt samarbete med Ryssland, sade president Emmanuel Macron då han på måndagen tog emot sin ryska kollega Vladimir Putin.