Vita huset uppgav på måndagen finsk tid att partnerna inte tog upp det amerikanska krigsfartyget som rörde sig på Sydkinesiska havet nyligen.
Kina uppgav på söndagen att ett amerikanskt fartyg siktades på Sydkinesiska havet och att Kina skickade egna fartyg och jaktplan till området för att varna fartyget.
Fartyget upptäcktes bara några timmar innan Trumps och Xis enligt tidigare avtal skulle tala i telefon.
Enligt statliga medier i Kina har president Xi sagt till Trump "att vissa negativa faktorer har påverkat" den bilaterala relationen länderna emellan. Enligt CCTV har Xi också uppmanat Trump att hålla fast vid politiken om ett Kina, enligt vilken Taiwan är en del av Kina.
I slutet av juni uppgav USA att landet avtalat om ett vapenköp för 1,3 miljarder dollar med Taiwan.
Kina kallar fartygets närvaro för en "allvarlig politisk och militär provokation". Enligt landets utrikesministerium kommer Kina även i fortsättningen att använda "alla nödvändiga åtgärder" för att trygga landets säkerhet.
Det amerikanska fartyget rörde sig i närheten av Spratlyöarna. Ögruppen är omstridd och Kina, Taiwan och Vietnam gör alla anspråk på området.
USA uppger i sitt svar till Kina att deras fartyg har rätt att röra sig på internationellt vatten.
Kina anser att nästan hela Sydkinesiska havet är landets och har byggt konstgjorda öar för att stödja sina krav.
Utrikes
3.7.2017
Trump och Xi talade i telefon - nämnde inte fartygsincidenten
USA:s president Donald Trump och Kinas president Xi Jinping diskuterade kärnvapenhotet från Nordkorea och den amerikansk-kinesiska handelsrelationen i telefon.