Yle gick igenom asylstatistisk från den 1 januari 2015 till den 1 juni 2017.
De saknade kan ha stannat i Finland som så kallade papperslösa, de kan ha rest vidare till ett annat EU-land eller återvänt till sitt hemland.
Under tidsperioden Yle granskade har 40 600 personer anhållit om asyl i Finland. 11900 har beviljats asyl, 18 000 har fått avslag.
Yle skriver att andelen negativa beslut började stiga i juni i fjol.
Inrikes
8.7.2017
Yle: Över 5 000 saknas på flyktingförläggningarna
Omkring 5 100 personer har "försvunnit" från flyktingförläggningarna i Finland under de senaste 2,5 åren, rapporterar Yle. Det innebär att de lämnat förläggningen utan att meddela om sitt beslut.