Froomes lagkamrat Geraint Thomas avbröt medan konkurrenten Richie Porte kraschade våldsamt.
Rigoberto Uran, Colombia, vann etappen efter en millimeterspurt trots att han bara kunde använda tyngsta växeln.
Efter den sista av flera jobbiga klättringar på den nionde etappen, i utförskörningen på Mont du Chat i hastigheter upp mot 80 kilometer i timmen, vurpade Richie Porte. Australiern hamnade ut i gräset, slog runt med cykeln och kraschade in i en bergvägg. Han fick med sig Dan Martin i fallet.
Porte fick omedelbart vård av läkare. Martin slog ryggen i bergväggen men kunde cykla vidare för egen maskin, innan han vurpade igen. Irländaren lyckades dock ta sig i mål.
Omkastningar i sammandraget
Chris Froome sade på förhand att etappen kunde skaka om i sammandraget. Sky-stjärnan fick rätt. Uppför Mont du Chat stod den regerande mästaren emot konkurrenternas attacker och delade själv ut några smällar.
Nairo Quintana tvingades släppa. Fabio Aru tappade kontakten men kämpade sig tillbaka. Alberto Contador blev distanserad med över fyra minuter.
Fransmannen Warren Barguil var länge i ensam ledning, men blev passerad av landsmannen Romain Bardet när drygt tio kilometer återstod. Bardet skaffade sig en stor lucka men Barguil fick upp farten igen när Chris Froome och kompani anslöt.
Barguil firade - men Uran vann
Med bara ett par kilometer kvar hämtades Bardet in. Spurten blev en uppgörelse mellan Barguil och Uran som, trots mekaniska problem som innebar att han bara hade lättaste och tyngsta växeln kvar, lyckades vinna. Barguil firade vid målgången och grät glädjetårar men "blev av" med segern efter granskning av målfotot.
Froome kom trea och behöll alltså totalledningen men han tappade sin kanske viktigaste hjälpryttare Geraint Thomas, som låg tvåa i sammandraget.
Thomas, som på åttonde etappen kraschade in i en höbal, vurpade igen och tvingades avbryta. Enligt AFP misstänker man att han har brutit nyckelbenet.
Froome jagar sin tredje raka seger i Tour de France.
Sport
9.7.2017
Uran vann dramatisk etapp – Froome behåller ledartröjan
På den kanske tuffaste etappen i årets Tour de France stod Chris Froome pall för attackerna och behöll på söndagen.