De två och ytterligare tre personer greps kort efter att polisen undersökt förbundets lokaler i Madrid.
67-åringen Villar, som lett förbundet sedan 1988, har också nått höga positioner inom Uefa och Fifa. Han var tillfällig ordförande i Uefa 2015–2016, innan det europeiska fotbollsförbundet valde sin nuvarande ordförande Aleksander Ceferin.
– Vi får höra vad domstolen har att säga. Lagen ska följas. Alla är lika inför den och ingen ska leva utanför den, säger Spaniens kultur- och idrottsminister Inigo Mendez de Vigo.
Sport
18.7.2017
Spansk fotbollsboss korruptionsmisstänkt
Spanska förbundsbasen Angel Maria Villar och hans son fanns bland de gripna då polisen aktiverade sig rejält i en korruptionshärva kring fotbollen i landet.