Tidigare uppgavs att beslutet skulle ha fattats för att förbättra de rysk-amerikanska relationerna. Thomas sade emellertid att beslutet var svårt men att det "verkligen inte fattades som en muta till Ryssland".
CIA har vägrat kommentera ärendet.
Det var den förra presidenten Barack Obama som beslutade om stödprogrammet till separatisterna 2013. Sedan dess har tusentals separatister som motsätter sig den syriska regimen utbildats och beväpnats av USA.
Utrikes
22.7.2017
CIA slutar stödja syriska rebeller
Amerikanska underrättelsetjänsten CIA upphör med sitt stöd till separatisterna som strider mot Syriens president Bashar al-Assad. Nyheten bekräftades av chefen för amerikanska militärens specialverksamhet, general Tony Thomas.