Enligt utrikesminister Mevlüt Cavusoglu kan en omröstning om självständighet "förvärra situationen i Irak, som redan gått igenom så mycket".
– Det kan, Gud förbjude, till och med leda till inbördes krig, säger Cavusoglu till turkiska medier.
Kurderna i norra Irak väntas rösta för självständighet i folkomröstningen den 25 september. Resultatet är dock inte bindande.
Turkiet har en stor kurdisk minoritet och bekämpar den kurdiska PKK-gerillan.
Utrikes
16.8.2017
Turkiet: Kurdisk folkomröstning i Irak kan leda till inbördeskrig
Turkiet varnar för att planerna på att hålla en folkomröstning om självständighet i den autonoma kurdiska regionen i Irak kan leda till inbördeskrig.