Han utreds misstänkt för att ha försnillat motsvarande nästan en miljon euro från anslag till konsten.
Serebrennikovs advokat Dmitrij Charitonov säger till rysk radio att gripandet kom som en "fullständig överraskning".
Serebrennikov, 47, är den konstnärliga ledaren för Gogoltetaren i Moskva och har tidigare regisserat upsättningar vid den anrika Bolsjojteatern. Hans filmer har visats vid filmfestivaler i Cannes och Venedig.
Serebrennikov är känd för att vara frispråkig och har kritiserat censuren i Ryssland.
Rysslands vice kulturminister Alexander Zjuravskij säger till Tass att han hört om gripandet från medierna.
– Om de grep honom betyder det att det finns något lagligt beslut bakom, konstaterar han.
Serebrennikov riskerar upp till tio års fängelse om han befinns skyldig till anklagelserna.
Kultur
22.8.2017
Ryske regissören Kirill Serebrennikov gripen misstänkt för bedrägeri
Den ryske teater- och filmregissören Kirill Serebrennikov har gripits misstänkt för bedrägeri, meddelar de ryska myndigheterna.