Fallet gäller det beslut som EU:s migrationsministrar tog mitt under flyktingkrisens mest intensiva läge hösten 2015 om att omfördela upp till 160 000 asylsökande som anlänt till Grekland och Italien.
Ungern och Slovakien har dock överklagat beslutet, som togs efter omröstning på ett ministermöte i Bryssel, och anser att frågan i stället borde ha avgjorts i enhällighet av ländernas stats- och regeringschefer.
Men EU-domstolen håller som väntat inte med om det.
"Mekanismen bidrar i själva verket till att Grekland och Italien ska kunna hantera följderna av migrationskrisen 2015 och är proportionell", heter det i ett uttalande från domstolen, enligt nyhetsbyrån Reuters.
EU-kommissionen hoppas nu få ny fart på omfördelandet av asylsökande. Planerna har hittills bara uppfyllts till en knapp tredjedel.
Kommissionen väntas i dag även föreslå att EU-ländernas gemensamma program för att ta emot kvotflyktingar, direkt från flyktingläger utanför EU, ska fördubblas till 40 000 personer.
Utrikes
6.9.2017
EU-domstolen godkänner asylfördelning
Ungern och Slovakien förlorar sin kamp i EU-domstolen mot EU:s omfördelning av asylsökande. "Mekanismen bidrar", fastslår domstolen i dag.