Enligt hjälporganisationens högsta chef Joanne Liu stöder EU:s politik ett kriminellt system med övergrepp.
Liu säger att EU har "förblindats av sitt ensidiga mål att hålla folk borta från Europa".
EU har gett pengar till den libyska kustbevakningen som stoppar migranter utanför den libyska kusten.
Liu har besökt flera fångläger för migranter i Europa.
– Vi fick höra hur de tvingats löpa nakna i grupper på fängelsegården tills de segnat ned av utmattning. Kvinnorna våldtas, varefter de måste ringa hem till familjen och be om pengar för att bli frisläppta, sade Liu vid en presskonferens i Bryssel i dag.
De italienska myndigheterna slöt för några veckor sedan en rad avtal med den libyska kustbevakningen i ett försök att hindra migranter från att ta sig till Italien över Medelhavet. Avtalen slöts med stöd från EU.
"Liken blev liggande bland oss i cellen"
I augusti anlände omkring 3 900 migranter till Italien, vilket var mindre än en femtedel av antalet som kom samma tid för ett år sedan.
MSF har samlat in en rad vittnesmål från migranter som har överlevt fånglägren i Libyen, eller som fortfarande sitter kvar där.
– Jag var i en cell i sex dagar tillsammans med andra kvinnor. Några dog för att vi inte fick vatten eller mat. Liken blev liggande bland oss i cellen i fyra dagar, säger en 20-årig kvinna från Gambia.
– Vi kräver ett slut på godtyckligt fängslande av flyktingar, asylsökande och migranter i Libyen, där en oerhört grym humanitär kris utspelar sig i skuggan av omvärldens strålkastarljus, sade Anna Sjöblom, medicinsk humanitär rådgivare för Läkare Utan Gränser i Sverige, i ett pressmeddelande förra veckan.
Utrikes
7.9.2017
Läkare utan gränser vittnar om tortyr i Libyen
EU:s nya strategi för att hindra migranter att nå Europa gör att de utsätts för våldtäkter, tortyr och slaveri, säger Läkare utan gränser (MSF).