Minst två personer har dött och kring 20 saknas.
Enligt det japanska meteorologiska institutet är ovädret som drabbar ön Kyushu exceptionellt häftigt. Vattenmassorna har brutit igenom flodbankerna och spolat bort vägar, bostadshus och skolor.
Tusentals soldater deltog på torsdagen i kampen för att rädda människor från vattenmassor och jordskred.
– Vi har en extremt allvarlig situation, sade biträdande premiärminister Taro Aso.
Under onsdagen regnade det 50 centimeter på 12 timmar på Kyushu, uppger Japans meteorologiska institut. Regnen förutspås fortsätta till fredagen. Ovädret är efterdyningarna av en tyfon som drog över Japan tidigare i veckan.
Utrikes
6.7.2017
Massiva översvämningar i Japan - hundratusentals evakuerade
Hundratusentals personer har evakuerats undan massiva översvämningar i södra Japan.