Enligt tidningen ska han ha varit oenig med president Donald Trump om valet av ny kommunikationsdirektör för Vita huset, Anthony Scaramucci.
I samband med att Spicer sade upp sig ska han ha sagt till Trump att tillsättandet av Scaramucci var ett stort misstag, uppger en person med direkt kännedom om samtalet för New York Times.
New York-baserade affärsmannen Scaramucci har en bakgrund på Wall Street. Han samlade in pengar för Trump under valkampanjen och har jobbat tätt ihop med Trumpadministrationen sedan presidentvalet.
Enligt CNN har Scaramucci aldrig jobbat med politisk kommunikation tidigare. Innan utnämningen jobbade han en månad som vice vd för en bank.
Vita husets personalchef Reince Priebus meddelade att han stöder Scaramucci till hundra procent.
Trumps förra kommunikationschef Mike Dubke sade upp sig för ett par månader sedan.
Utrikes
21.7.2017
Spicer avgår - oenigheter med Trump orsaken
Sean Spicer säger upp sig från jobbet som talesperson för Vita huset, rapporterar New York Times.